Najviše tijelo upravljanja Operacije grad je Skupština koja se sastoji od predstavnika/ca organizacija članica te svaka članica ima 1 glas.
Upravni odbor kojeg imenuje Skupština na mandat od 3 godine upravlja organizacijom između dvije skupštine. U ime članica mreže nadgleda provedbu Strateškog plana te programski aktivnosti, rad organizacije i opativnog tima, provodi odluke Skupštine, komunicira u ime organizacije u javnosti, komunicira s članstvo i obavlja druge poslove u svojem djelokrugu.
Trenutni sastav Upravnog odbora čiji mandat traje do 5.6.2028. čine:
Organizacijski tim predstavlja operativnu strukturu organizacije koja provodi programe i projekte Operacije grad. Uz organizacijski tim, organizacija povremeno angažira dodatne osobe na pojedinim projektnim aktivnostima te uključuje volontere.
Organizacijski tim čine: