Najviše tijelo upravljanja Operacije grad je Skupština koja se sastoji od predstavnika/ca organizacija članica te svaka članica ima 1 glas.
Upravni odbor kojeg imenuje Skupština na mandat od 3 godine upravlja organizacijom između dvije skupštine. Trenutni sastav Upravnog odbora čiji mandat traje do 15.5.2027. čine:
Predsjednica Operacije grad koju bira skupština na mandat od 3 godine zastupa organizaciju, vodi popis članova, saziva Skupštinu, te obavlja druge dužnosti propisane zakonom. U njezinom odsustvu, ove dužnosti obavlja zamjenica predsjednice organizacije. Predsjednica organizacije do 11. srpnja 2024. bila je Mirela Travar, nakon čega je razriješena dužnosti na svoj zahtjev, a otad tu funkciju vrši zamjenica predsjednice Matija Mrakovčić, čiji mandat traje do 15.5.2026.
Organizacijski tim predstavlja operativnu strukturu organizacije koja provodi programe i projekte Operacije grad. Uz organizacijski tim, Organizacija povremeno angažira dodatne osobe na pojedinim projektnim aktivnostima te uključuje volontere.
Organizacijski tim čine: